A partir de ese momento, y a falta de un liderazgo sólido de sus dirigentes, se inicia una era dominada por hacendados que tenían poder económico, turnándose los gobiernos durante breves períodos. Durante este tiempo, algunos grupos internos no se sentían contentos con la autonomía y buscaron anexarse nuevamente a España, hecho que lograron el 18 de marzo de 1861. Dentro de estos grupos se encontraba Pedro Santana.

En 1865, se recupera la independencia, pasando nuevamente a una etapa de falta de liderazgo y cambios continuos de gobernante. Esta situación duró hasta que Ulises Heureaux (Lilís) instaló su dictadura durante 12 años (1887-1899), situación que perduró hasta que murió asesinado.